Previo a la salida al campo, para la caracterización de fauna se realiza la recopilación de información secundaria producto de la revisión de colecciones virtuales como por ejemplo las colecciones científicas del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia sede Bogotá (ICN) y el sistema de información sobre Biodiversidad de Colombia (SiB). 

Para la recopilación de información primaria se debe tener presente la representatividad de las diferentes coberturas naturales en el área a evaluar, para ello se hace uso de diferentes métodos de colecta dependiendo del grupo que se vaya a trabajar. Por ejemplo, para el caso de las aves, se requiere colocar redes de niebla con la finalidad de interceptar individuos que se desplacen por la zona. Es importante que el profesional encargado tenga la experticia necesaria para lograr capturas adecuadas e identificaciones confiables.  

En cuanto a los mamíferos, por lo general se emplean tres metodologías para su caracterización. La primera consiste en el uso de trampas Sherman; estas trampas son jaulas en las que se coloca un atrayente alimenticio y tienen un gatillo que cierra la trampa dejando adentro al individuo que la activó. La segunda metodología es el uso de cámaras trampa; estas se colocan en diferentes alturas aseguradas en un árbol y se activan con el movimiento. Si un animal pasa cerca, la cámara le toma una foto. Luego de un tiempo determinado, el biólogo encargado retira las cámaras para su posterior procesamiento. Finalmente, se utilizan redes de niebla para interceptar mamíferos voladores (murciélagos). La metodología es similar a la empleada con aves, pero difiere en la hora de apertura de las redes; para los mamíferos voladores, esta apertura se realiza durante horas crepusculares y nocturnas. 

En cuanto a la caracterización de herpetos, se realizan transectos con movilización libre donde el biólogo encargado busca activamente individuos que serán medidos y fotografiados. Para buscar anfibios, se identifican hábitats húmedos (humedales, charcas, etc.) donde se registren actividades reproductivas y coros audibles. Los muestreos se llevan a cabo durante el día y primeras horas nocturnas. 

En relación con el procesamiento de la información recolectada en campo, se realiza una comparación con bases de datos para obtener información sobre niveles de amenaza, endemismo, migración y uso humano. Se determina el hábitat crítico para fauna considerando sitios como áreas reproductivas o alimenticias. Además, se efectúa un análisis ecológico relacionado con estructura trófica reportando composición, diversidad y abundancia entre otras variables. Se utilizan índices para evaluar similitud entre coberturas analizadas. Para determinar representatividad del muestreo se emplean estimadores no paramétricos como CHAO1, Jackknife y Bootstrap mediante software especializados. 

Finalmente, con los datos obtenidos se identifican impactos potenciales sobre fauna evaluando área afectada, duración e implicaciones reversibles o mitigables.